『ヘルミーナとクルス』はリリーのアトリエのある期間に焦点を当てて描かれた、シリーズ初のストーリー重視のアドベンチャーゲーム。リリーのアトリエでは一瞬で過ぎてしまった一日一日をクローズアップして、よりキャラクターや世界を掘り下げた、深いシナリオを実現しています。

『ヘルミーナとクルス』の主人公は、錬金術の秘術で創りだされた生命、ホムンクルス！彼と創造主であるヘルミーナのお話です。生まれたばかりのホムンクルスには、当然のことながら何の知識もありません。そこでヘルミーナは彼にクルスという名前を付け、自分の助手にするため育てていく決心をします。錬金術師の工房に住むこととなったホムンクルスとザールブルグ市民との心温まるふれあいを中心に、ヘルミーナという少女の成長を描く感動のストーリーが展開されます。

今作のヒロインであるヘルミーナはもちろん、リリー、イングリド、ドルニエなど錬金術士たちや、冒険者や街の人々など『リリーのアトリエ』にでおなじみのキャラクター達が多数登場。『リリーのアトリエ』ではあまり語られなかった、彼ら彼女らの日常を中心にした様々なエピソードが盛り込まれています。もちろんシリーズからの謎や伏線も明かされる、笑いあり涙ありのシナリオとなっています。